События аниме разворачиваются спустя несколько месяцев после кульминации первой части франшизы «Врата Штейна», в альтернативной временной линии, которая получила название бета. В этой версии реальности Ринтаро Окабэ не смог предотвратить гибель Макисе Курису, и теперь постоянные напоминания о случившемся не дают ему покоя.
