После того как член «Кобры» Зартан успешно выдает себя за президента США, отряд элитных бойцов G.I. Joe становится мишенью для всего государства. Во время миссии в Пакистане на них внезапно наносится авиаудар, а официальная версия обвиняет выживших в краже ядерной боеголовки и государственной измене. В живых остаются всего трое — Роудблок, Флинт и Леди Джей.
