После событий первой части Нео, Тринити и Морфеус не отдыхают: армия машин готовит масштабное наступление на последний оплот свободных людей — город Зион, и команде борцов за свободу предстоит не только отразить атаку, но и разгадать новые секреты строения симуляции, о которых раньше не было известно.
