После событий первой части братья Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло пытаются наладить обычную жизнь в Нью-Йорке, скрывая свою суперсилу и происхождение от обычных жителей, но их планы рушатся, когда Шреддеру удается сбежать из-под стражи во время транспортировки в другую тюрьму при помощи профессора Стокмана, разработавшего устройство для открытия порталов между мирами.
